この九十九島観光ホテルには屋内プールなどの施設や設備も備わっています。 快適に滞在できるよう、各客室にはテレビとケーブル/衛星放送テレビなどの室内設備が完備されています。 バスルームにはセパレートバスなどが備え付けられています。

佐世保市内中心部までは車で約10分の距離です。 このホテルから空港シャトルバスが運行されています。